O setup é um programa de configuração que todo micro tem e que está gravado dentro da memória ROM do micro (que, por sua vez, está localizada na placa-mãe). Normalmente para chamarmos esse programa pressionamos a tecla Del durante a contagem de memória. A configuração do micro é armazenada dentro de uma memória especial, chamada memória de configuração. Como essa memória é construída com a tecnologia CMOS, muitas pessoas chamam a memória de configuração de memória CMOS. Como esta memória é do tipo RAM, seus dados são apagados quando o micro é desligado. Para que isso não aconteça, há uma bateria que fica alimentando essa memória, para que os dados nela armazenados não sejam perdidos quando o micro é desligado. Essa bateria também é responsável por alimentar o circuito de relógio de tempo real do micro (RTC, Real Time Clock), pelo mesmo motivo. Todo micro tem esse relógio e ele é o responsável por manter a data e a hora atualizadas.
Fonte: http://www.clubedohardware.com.br/artigos/setup/196